• Comportement du chien et
    du chat
  • Celui qui connait vraiment les animaux est par là même capable de comprendre pleinement le caractère unique de l'homme
    • Konrad Lorenz
  • Biologie, neurosciences et
    sciences en général
  •  Le but des sciences n'est pas d'ouvrir une porte à la sagesse infinie,
    mais de poser une limite à l'erreur infinie
    • La vie de Galilée de Bertold Brecht

Fusion membranaire : protéines SNARE
Protéines R-SNARE : Ykt6

Sommaire
définition

Ykt6, R-SNARE, i.e. contenant une arginine (R) dans la couche 0 du motif SNARE, est une t-SNARE (t pour target, cible) impliquée dans le trafic de l'appareil de Golgi et la fusion vésiculaire, en particulier autophagosome/lysosome.

Les R-SNARE comprennent  :

Structure des protéines SNARE
Structure des protéines SNARE
(Figure : vetopsy.fr d'après Hong et Lev)

Structure et activation de Ykt6

1. YKT6 contient un domaine longin à son extrémité N-terminale, similaire à celui de VAMP7, mais ne contient pas de domaine transmembranaire (New insights regarding SNARE proteins in autophagosome-lysosome fusion 2020).

Ykt6 et son activation
Ykt6 et son activation
(Figure : vetopsy.fr d'après McGath et coll)

Le ciblage membranaire de YKT6 dépend de son site consensus de prénylation C-terminal (CCAIM), qui est modulé de manière réversible par la palmitoylation (Localization and activity of the SNARE Ykt6 determined by its regulatory domain and palmitoylation 2004).

2. La conformation inactive soluble de Ykt6 est stabilisée par le groupe farnésyl, pris en sandwich entre le domaine SNARE et le domaine longin (Autophagosomal YKT6 is required for fusion with lysosomes independently of syntaxin 2018).

La phosphorylation sur un site conservé au cours de l'évolution dans le domaine SNARE peut réguler un changement conformationnel d'une forme cytosolique fermée à une forme plus ouverte liée à la membrane.

Interactions de YKT6
Interactions de YKT6
(Figure : vetopsy.fr d'après STRING)

La charge négative introduite par la phosphorylation crée un potentiel électrostatique supplémentaire de la protéine qui entraîne la séparation des domaines hydrophobes longin et SNARE.

Rôles de Ykt6

1. Ykt6 est impliquée dans :

2. YKT6 mammmalien intervient dans le processus de fusion autophagosome/lysosome (New insights regarding SNARE proteins in autophagosome-lysosome fusion 2021).

Ykt6 mammalien
Ykt6 mammalien
(Figure : vetopsy.fr d'après Baker et coll)

YKT6 se couple à SNAP-29 et STX7 de manière indépendante de STX17 (Autophagosomal YKT6 is required for fusion with lysosomes independently of syntaxin 17 2018).

Remarque : chez la drosophile, Ykt6, localisé dans les lysosomes, est capable de former un complexe SNARE avec Syx17-Snap-29, jusqu'à la participation de Vamp7, qui remplace Ykt6 dans le complexe SNARE définitif, i.e. il agit plutôt comme un régulateur que comme un élément de machinerie de fusion (Non-canonical role of the SNARE protein Ykt6 in autophagosome-lysosome fusion 2018).

Étapes de ciblage du trafic vésiculaire
Étapes de ciblage du trafic vésiculaire
(Figure : vetopsy.fr d'après Takáts et coll)

Sec22