• Comportement du chien et
    du chat
  • Celui qui connait vraiment les animaux est par là même capable de comprendre pleinement le caractère unique de l'homme
    • Konrad Lorenz
  • Biologie, neurosciences et
    sciences en général
  •  Le but des sciences n'est pas d'ouvrir une porte à la sagesse infinie,
    mais de poser une limite à l'erreur infinie
    • La vie de Galilée de Bertold Brecht

Modifications post-traductionnelles des protéines
Ubiquitination : mono et polyubiquitination

Sommaire
  1. Biologie cellulaire et moléculaire
    1. Cellules procaryotes et eucaryotes
    2. Structure générale d'une cellule eucaryote
  2. Constituants de la cellule
  3. Matrice extracellulaire
  4. Reproduction cellulaire
  5. Biochimie
    1. Composition de la matière vivante
      1. Composés organiques
        1. Protides
          1. Acides aminés
          2. Protéines
            1. Structure des protéines
            2. Domaines des protéines
            3. Modifications post-traductionnelles
              1. Addition d'un groupe fonctionnel
                1. Addition par une enzyme
                  1. Groupes hydrophobes pour la localisation membranaire
                    1. Isoprénylation (prénylation)
                    2. Palmitoylation
                    3. Glypiation
                  2. Cofacteurs pour améliorer l'activité enzymatique
                  3. Groupes chimiques
                2. Addition non-enzymatique
              2. Autres protéines ou peptides
                1. Système ubiquitine-protéasome (UPS)
                  1. Ubiquitination
                    1. Ubiquitine
                    2. E3 ubiquitine ligases
                      1. Famile HECT
                      2. Famile RING
                      3. Famille RBR
                    3. Mécanismes de l'ubiquitination
                      1. E1 (ubiquitin-activating enzyme)
                      2. E2 (ubiquitin-conjugating enzyme)
                      3. Variantes du mécanisme général
                      4. Mono et polyubiquitination
                    4. Rôles de l'biquitination
                      1. Dégradation de la protéine ubiquitinée
                      2. Autres rôles
                      3. Interactions protéine/protéine
                      4. Endocytose
                      5. Rôles dans le noyau
                    5. Désubiquitination
                      1. Désubiquinases (DUB)
                        1. Classification des DUB
                        2. Structure des DUB
                      2. Modes de déusbiquitination des DUB
                      3. Mécanismes de la désubiquitination
                        1. Protéases à cystéine
                        2. Métalloprotéases à zinc
                      4. Régulations des DUB
                      5. Fonctions des DUB
                    6. Voie N-end rule : règle N-terminale
                      1. Vue d'ensemble et définitions
                      2. Branches de la règle du N-terminal
                        1. Ac/règle N-terminale (Ac/N-end rule)
                        2. Arg/règle N-terminale (Arg/N-end rule)
                2. Système ubiquitine-like (UBL)
                  1. Membres des UBL
                    1. Protéines jouant différents rôles
                    2. Protéines jouant un rôle dans l'autophagie
                  2. Structure des UBL
                  3. Sumoylation
                    1. Protéines SUMO
                    2. Mécanismes de la sumoylation
                      1. SENP (sentrin- ou SUMO-specific proteases)
                      2. E1 et E2
                      3. E3 ligases éventuelles
                  4. Neddylation
              3. Modifications structurales
            4. Dégradation des protéines
        2. Acides nucléiques
        3. Glucides
        4. Lipides
        5. Vitamines
        6. Enzymes
        7. Coenzymes
        8. Hormones
      2. Composés inorganiques
        1. Eau
        2. Minéraux
        3. Oligoéléments
        4. Ions
  6. Transport membranaire
  7. Moteurs moléculaires
  8. Voies de signalisation

Bibliographie

L'ubiquitination (ou ubiquitinylation) est une modification post-traductionnelle qui aboutit à la fixation covalente d'une protéine d'ubiquitine sur la protéine substrat.

  • Polymérisations de l'ubiquitine
    Polymérisations de l'ubiquitine
    (Figure : vetopsy.fr d'après Komander)
    S'il n'y en a qu'une, on parle de monoubiquitination.
  • S'il y en a plusieurs, on parle de ployubiquitination.

La polyubiquitination peut s'effectuer de deux manières différentes :

  • soit par liaison linéaire canonique entre une extrémité C-terminale de l'une et l'extrémité N-terminale de l'autre,
  • soit par liaisons avec les différentes lysines.

Polyubiquitination par liaison
peptidique canonique linéaire

L'ubiquitine peut se polymériser et former une liaison peptidique canonique linéaire entre :

Polyubiquitination par liaisons
avec les différentes lysines

Liaisons

L'ubiquitination peut se répéter plusieurs fois sur les lysines de l'ubiquitine lié au substrat et peut s'effectuer :

  • en particulier, sur K48 ET K63,
  • mais aussi, sur les autres lysines pour former des chaînes d'ubiquitine.

Ces chaînes peuvent être alors (Atypical ubiquitin chains : new molecular signals 2008) :

  • Polyubiquitinations
    Polyubiquitinations
    (Figure : vetopsy.fr d'après Ikeda)
    des chaînes homologues ou homotypiques (sur la même lysine à chaque fois),
  • des chaînes mixtes par exemple K48/K29 pour former des branches,
  • des chaînes hétérologues entre l'ubiquitine et les UBL-like comme SUMO.

De multiples monoubiquitinations simples peuvent aussi participer à cette polyubiquitination.

Formes du complexe

Cette aptitude de l'ubiquitine à former des polymères est essentielle pour ses différents rôles.

1. La polyubiquitination sur K48 aboutit à la dégradation du substrat.

  • Elle produit des structures compactes.
  • Un sous-groupe de domaines UBA, par exemple dans HR23a (RAD23A) ou MUD1, est pris alors en sandwich entre deux ubiquitines.
  • D'autres peuvent se lier sur chaque ubiquitine comme PLIC-1.

2. La plupart des fonctions non-protéolytiques des chaînes d'ubiquitine sont actuellement associés à des polymères d'ubiquitine liés par K63.

  • Formes des complexes polyubiquitinés
    Formes des complexes polyubiquitinés
    (Figure : vetopsy.fr d'après Ikeda)
    Cette polymérisation produit des chaînes linéaires.
  • Un autre sous-groupe de domaines UBA, par exemple HR23a humaine, se lie classiquement comme à une monoubiquitine.

3. D'autres UBD se fixent indifféremment sur une ou l'autre lysine, comme le domaine UIM (de Rpn10 par exemple).

Rôles de l'ubiquitination

Bibliographie
  • Marieb E. N. - Anatomie et physiologie humaines - De Boeck Université, Saint-Laurent, 1054 p., 1993
  • Maillet M. - Biologie cellulaire - Abrégés de Masson, 512 p, 2002
  • Lodish et coll - Biologie moléculaire de la cellule - De Boeck Supérieur, Saint-Laurent, 1207 p., 2014