Domaines protéiques à doigt de zinc
Domaines U-Box et Miz

Les U-box sont des domaines d'environ 70 acides aminés retrouvées de la levure (la première découverte est Ufd2) à l'homme (6 y sont présentes).

De nombreuses protéines qui contiennent un domaine U-box sont des E3 ubiquitine ligases liées à l'ubiquitination (U Box Proteins as a New Family of Ubiquitin-Protein Ligases 2001).

U-Box

Leur structure est proche des domaines RING, excepté qu'elles ne comportent pas d'ions zinc

En quelque sorte, ce sont des domaines RING qui ont perdu leur zinc (The U box is a modified RING finger - a common domain in ubiquitination 2000 et Structural insights into the U-box, a domain associated with multi-ubiquitination 2003).

Les cystéines ou histidines sont remplacés par des résidus polaires qui interviennent dans des liaisons hydrogène et salines qui maintiennent la structure de la protéine et son activité dans l'ubiquitination (The Prp19 U-box Crystal Structure Suggests a Common Dimeric Architecture for a Class of Oligomeric E3 Ubiquitin Ligases 2008).

• Le domaine C-terminal est stabilisé par quatre résidus de base, Ser16, Ser19, Asp38, Thr41 (quelquefois avec Glu43). Par rapport au domaine RING, Asp38 est plus central.
• Le domaine N-terminal est plus différent avec cinq résidus (Cys3, Ser6, Arg12, Glu24, Ser26) et deux molécules d'eau.

Malgré leur différence, les U-box et les domaines RING présentent tous les deux une rainure hydrophobe peu profonde qui interagit directement avec l'enzyme de conjugaison E2 (E2 ubiquitin-conjugating enzyme).

De nombreuses E3 ubiquitine ligases forment :

• 

  des homo-dimères comme CHIP - C terminus of HSC70-Interacting Protein, aussi appelée STUB1, STIP1 homology and U-Box containing protein 1 - (Interactions between the quality control ubiquitin ligase CHIP and ubiquitin conjugating enzymes 2008) et Prp19 (The Prp19 U-box Crystal Structure Suggests a Common Dimeric Architecture for a Class of Oligomeric E3 Ubiquitin Ligases 2008
• des hétérodimères spécifiques par l'interaction entre leurs domaine RING/RING, RING/U-box et U-box/U-box (Structure of an E3:E2∼Ub Complex Reveals an Allosteric Mechanism Shared among RING/U-box Ligases 201

Domaine Miz

Le domaine Miz finger (Myc-Interacting Zinc-finger) est présent dans les PIAS (Protein Inhibitor of Activated STAT) et les Siz, sous-familles des E3 ligases qui interviennent dans la sumoylation.

Ce domaine, appelé aussi SP-RING (Siz/PIAS RING : SP-RING for SUMO: New Functions Bloom for a Ubiquitin-like Protein 2001), semble être un domaine intermédiaire entre les domaines RING et U-Box (A beta-sheet interaction interface directs the tetramerisation of the Miz-1 POZ domain 2007 et The Prp19 U-box Crystal Structure Suggests a Common Dimeric Architecture for a Class of Oligomeric E3 Ubiquitin Ligases 2008)

• Le domaine N-terminal est stabilisé par des liaisons hydrogène et salines.
• Le domaine C-terminal est stabilisé par des liaisons chélations du zinc.