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Modifications post-traductionnelles des protéines
Ubiquitination : mécanismes

Sommaire

définition

L'ubiquitination (ou ubiquitinylation) est une modification post-traductionnelle qui aboutit à la fixation covalente d'une (ou de plusieurs) protéine d'ubiquitine sur la protéine substrat.

Ubiquitination par la famille RING et ses rôles
Ubiquitination par la famille RING et ses rôles
(Figure : vetopsy.fr)

Quels en sont les mécanismes ?

Mécanismes généraux de l'ubiquitination

L'ubiquitine doit, pour se fixer sur la protéine-cible, avoir recours à plusieurs enzymes.

E1 (ubiquitin-activating enzyme)

L'enzyme d'activation E1 (E1 ubiquitin-activating enzyme), aussi appelée UBA ou UBE1, agit en se liant à l'ATP-Mg++ et à l'ubiquitine (cf figure), ce qui provoque :

On ne connait qu'une E1 chez la levure (Uba1) et 2 chez l'homme (UBA1 et UBA6).

Les E1 sont composées de 4 domaines fonctionnels (Two Mutations Impair the Stability and Function of Ubiquitin-Activating Enzyme (E1) 2012) :

Mécanisme de transfert de l'ubiquitine entre E1 et E2
Mécanisme de transfert de l'ubiquitine entre E1 et E2
(Figure : vetopsy.fr d'après Lee sous Open Archive)

E2 (ubiquitin-conjugating enzyme)

E1 recrute une enzyme de conjugaison E2 (E2 ubiquitin-conjugating enzyme), appelée aussi UBC ou UBE2 (The family of ubiquitin-conjugating enzymes (E2s): deciding between life and death of proteins 2010).

E2, avec l'aide de la E3-ubiquitine ligase appelée aussi UBE3, lie, via un pont isopeptidique, l'ubiquitine, par sa glycine terminale (G76 par son acide carboxylique), à la lysine (groupe ε-amine : NH3+ attaché au 5ème carbone, lui-même lié au groupe carboxyle ($\ce{-C(=O)OH}$) terminal) de la protéine cible (New insights into ubiquitin E3 ligase mechanism 2014 et HECT and RING finger families of E3 ubiquitin ligases at a glance 2012).

L'énergie stockée dans la liaison thioester E2~Ubl est utilisée pour cette liaison.

On connait 11 E2 chez la levure et près d'une trentaine chez l'homme : plus d'une centaine ont été décrites (cf. Wikipedia).

  • UBE2A, 2B, 2C, 2D1…
  • Ubc1, 2…
  • ATG3, BIRC6 et UFC1.

Domaine UBC

Les E2 contiennent un domaine UBC, domaine de conjugaison à l'ubiquitine d'environ 150 acides aminés, à structure compacte ellipsoïde, comprenant (Crystal Structure of a Ube2S-Ubiquitin Conjugate 2016 et E2S: structurally economical and functionally replete 2011) :

La cystéine du site actif est entouré d'acides aminés hautement conservés qui interviennent à la fois :

Coordination entre RanGAP1 et Ube21
Coordination entre RanGAP1 et Ube21
(Figure : vetopsy.fr d'après Valimberti)

Le site actif comprend un aspartate ou une sérine qui, elle, peut être phosphorylée - CES/D : Conserved E2 Serine/Aspartate - (E2 superfamily of ubiquitin-conjugating enzymes: constitutively active or activated through phosphorylation in the catalytic cleft 2015).

  • La taille et la charge négative de ce groupe (aspartate naturellement ou sérine phosphorylée, par exemple dans Ube2a ou Rad6) aligne la lysine du substrat et la cystéine catalytique de E2 pour contrôler l'efficacité de l'ubiquitination.
  • Les E2 qui contiennent une sérine peuvent être régulées alors par phosphorylation.

Dans Ube2I, hors D127, on retrouve d'autres résidus essentiels.

  • Glu98 contribue à une formation en trident d'interactions électrostatiques, Glu98-Lys du substrat-CES/D127.
  • Tyr87, résidu aromatique à chaîne latérale, maintient la lysine au sein de la fente catalytique E2 (cf. figure ci-contre).

E2 entre en interaction à la fois avec E1 et E3 et leurs contacts se chevauchent en partie, ce qui implique que E2 doit être libérée de l'E3 pour reprendre une ubiquitine (E2 conjugating enzymes must disengage from their E1 enzymes before E3-dependent ubiquitin and ubiquitin-like transfer 2005).

  • Liaisons des E2 avec l'ubiquitine et les E3
    Liaisons des E2 avec l'ubiquitine et les E3
    (Figure : vetopsy.fr d'après Lorenz et Wenzel)
    Le site d'interaction canonique E1/E3 comprend des résidus de l'hélice N-terminale (H1) et les boucles 4 et 7 (L4 et L7, parfois appelée L1 et L2).
  • Toutefois, d'autres sites d'interactions peuvent être utilisés (le " backside ", site opposé au site actif, l'extrémité C-terminale ou même le site actif.
  • Dans l'article E2S: structurally economical and functionally replete 2011, vous pouvez étudier les interactions entre les E2 et les autres protéines.

Extensions N- et C-terminales

Les E2 possèdent des extensions N- et C-terminales spécifiques, qui contribuent à leur spécialisation.

En effet, les E2 interagissent avec des E3-ubiquitine ligases relativement spécifiques, ce qui explique leur nombre élevé (plus de 600 chez l'Homme).

Variantes du mécanisme général

Il existe 2 variantes :

Remarque : Si l'ubiquitine est, en général, transférée à l'extrémité N-terminale des protéines, elle peut aussi se lier à d'autres acides aminés comme la thréonine, la sérine ou la cystéine (Ubiquitylation of an ERAD substrate occurs on multiple types of amino acids 2010).

Polyubiquitination