La voie de la règle du N-terminal (N-end rule) est un système protéolytique : la déstabilisation de certains résidus N-terminaux peut donner un signal pour la destruction de la protéine par le protéasome 26S.
Un pro-N-degron (précurseur d'un N-degron) est une séquence spécifique ou une conformation d'une chaîne de polypeptide qui peut être clivé ou modifié pour produire un résidu N-terminal déstabilisant. Pour cela, les résidus sont classés en :
Ndp pour primaires : résidu N-terminal déstabilisant ou résidu N-terminal non modifié directement reconnu par une N-recognine ;
Chez les Eucaryotes, la voie de la règle N-terminale se compose de deux branches.
Ac/règle N-terminale (Ac/N-end rule)
L'Ac/règle N-terminale (Ac/N-end rule), présente aussi chez les Procaryotes, cible les protéines contenant les résidus Nα-terminaux acétylés, qui sont des Ac N-degrons, comme :
la méthionine (M),
Ac/N-end rule
(Figure : vetopsy.fr)
de petits résidus non chargés comme l'alanine (A), la Valine (V), la sérine (S), la thréonine (T) ou la cystéine (C).
Ils peuvent alors être Nt-acétylés par des Nt-acétylases. Ce sont donc des Nds (secondaires) car ils doivent être acétylés pour être reconnus par la E3 ubiquitine ligases.
Il semble que cette Nt-acétylation soit irréversible, contrairement aux autres acétylations internes dans lesquelles des déacétylases peuvent inverser le processus.
Certains résidus sont rarement Nt-acétylés comme la glycine (G) ou la proline (P).
Asn et Gln doivent d'abord être convertis par une Nt-aminidase en Asp et Glu, et la cystine oxydée en présence de NO et d'oxygène, avant d'être arginylés comme précédemment: ce sont donc des Ndt (tertiaires).
dans l'Ac/règle N-terminale (Ac/N-end rule) par la DOA10 E3 ubiquitine ligase,
dans l'Arg/règle N-terminale (Arg/N-end rule) par les UBR 1/2/4/5 qui contiennent des UBR-box pour les N-degrons de type 1 et les N-domaines pour les N-degrons de type 2.